國立陽明交通大學應用化學系位於光復校區科學二館及田家炳光電大樓5-7F，合計空間達14,870 平方米，共4,520坪。為培育我國應用化學領域之專業人才，本系於 1982 年首先成立研究所碩士班，提供研究生基礎化學與應用化學之全方位的教育與研究訓練，大學部學士班和博士班相繼於1990 和1992年成立。為強化前瞻之跨領域基礎教學與研究，本系於2004年成立分子科學研究所，提供碩士生和博士生優良且最具特色的深造和研究環境。另，為增進本系國際競爭力與培養國際人才，本系於2013年成立跨領域分子科學國際碩士學位學程，並於2014年與中央研究院化學研究所合作成立永續化學科技國際研究生博士學位學程。本系與工業界及政府機構互動密切，研究經費來源有工業界和政府單位，目前系所年度研究經費已達1.55億台幣，並有明顯持續上升之趨勢。現階段進行中之研究計畫之領域涵蓋：藥物設計與合成，超分子合成與研究、光化學、酵素化學、蛋白質基因工程、微流體分析化學、生物分析、單分子偵測、分子動態研究、雷射化學、超快動力學研究、奈米材料、超導材料、高分子材料、高分子科學與技術、光電材料、再生能源研究、電腦模擬、理論計算等。
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